Jacques Germain est un élève de l'Académie Moderne que dirigent Fernand Léger et Amédée Ozenfant. En 1931, Blaise Cendrars et Fernand Léger conseillent à ses parents de l'envoyer au Bauhaus. Il arrive à Dessau en octobre de la même année et y reste deux semestres. Il sera le seul français à étudier au Bauhaus. Il suit l'enseignement de Kandinsky.

Il rentre à Paris à bicyclette en juillet 1932. En octobre de la même année, il repart en Allemagne, à Francfort, où il suit les cours du peintre constructiviste Willi Baumeister.

Avec l'arrivée des Nazis au pouvoir, il revient à Paris et travaille dans le dessin publicitaire. En septembre 1936, Jacques Germain accomplit son service militaire, la guerre éclate quelques années plus tard, l'artiste est fait prisonnier et reste trois ans en captivité. À son retour en France, il se consacre essentiellement à la peinture.

En 1949, il réalise sa première exposition personnelle à Paris. Il expose également aux côtés de Arp, Bryen, Fautrier, Hartung, Mathieu, Picabia, etc. Il fut ami intime d'Antonin Artaud. Germain a été représenté par diverses galeries, dont la galerie Maeght en 1951(fondation depuis 1964). la galerie Kriegel (61, 65, 69),  Roge« Sa peinture, « une substance savoureuse » d’harmonies colorées peut exprimer une « complexité symphonique ».

Jacques Germain représente, avec une clarté particulière, le concept impressionniste adapté à l'abstraction. Il s’inscrit dans la lignée de brillants aînés qui ont pour noms Ubac, Manessier, Bazaine ou Le Moal. Son répertoire artistique unique est tout aussi empreint de musique picturale telles les compositions de Hans Hartung, Pierre Soulage ou Georges Mathieu.

En 1997 une grande rétrospective fut organisée au Couvent des Cordeliers à Paris. C’est après sa mort, qu’en en 2002, conformément à son souhait, l’entier contenu de son atelier est légué à la Ligue nationale contre le cancer.

Certaines de ses œuvres figurent dans des collections publiques; musée d'Oslo, musée des Beaux-Artts de Lille, musée de Bergen, le musée de Brême, musée de Lausanne, musée d'Art moderne de Paris.